Les méthodes d’enquête et de collecte musicologiques des expéditions Dakar-Djibouti et Sahara-Soudan sont globalement comparables. Entre les deux missions, Schaeffner espérait que les innovations technologiques les plus récentes permettraient de meilleurs enregistrements. Or, même dans ce domaine où les progrès pouvaient en effet être rapides, rien ne montre un changement significatif – du moins si l’on se fie à l’audition actuelle des deux collections.

En revanche, sa position au sein du groupe d’ethnographes évolue d’une mission à l’autre. Pendant Sahara-Soudan, Schaeffner se place davantage en marge des enquêtes collectives^[7]. Il travaille avec le même informateur que pendant Dakar-Djibouti, Antandu, et privilégie son propre travail d’enquête, qui apparaît comme l’approfondissement des recherches effectuées en pays dogon quelques années auparavant^[8]. La spécificité du travail musicologique s’est donc progressivement doublée d’une distance croissante avec les objectifs et les pratiques méthodologiques de Griaule, ce qui a sans doute contribué à l’autonomisation relative de l’ethnologie musicale au Musée d’ethnographie du Trocadéro.